En 2021, comme durant toute la période de pandémie, Lily Safra a consolidé sa mission de philanthropie. Aux Hôpitaux Universitaires de Genève, en plus des dons réguliers au Fonds de recherche Edmond J. Safra, la Fondation Edmond J. Safra a versé 500 000 francs au Centre de recherche clinique des HUG, qui ont permis de financer plus de 35 projets de recherche Covid-19.